Главные проблемы Новотроицкого – ил, который несёт в водохранилище река Егорлык, и водоросли. Круглый год ГРЭС сбрасывает в водоём тёплую воду, в которой подводная зелень активно размножается.
Программа рассчитана на три года и будет проходить в несколько этапов: воду будут откачивать, очищать и возвращать обратно в водохранилище. Начать работы планируют в 2015 году.
Сегодня с Новотроицкого водохранилища питьевая вода подаётся в 8 районов края, для орошения – на территорию почти в 110 тысяч гектаров. В прибрежной зоне водохранилища расположены 24 сезонные базы отдыха.
Расчистка Новотроицкого водохранилища – крупнейший подобный проект в России. Для сравнения, по всем федеральным объектам – рекам, проходящим по территории края, Ставрополье получает около 62 млн рублей в год.